一、將現行條文中之「比例」修正為「比率」並略做文字修正。
二、修正新投資定義、物質輸入量為報關日重量，物質徵收類別為廢棄物，物質產生量需與出廠聯單量相同，以求明確避免爭議。
三、參酌土壤及地下水污染管理相關法規變動，物質增列應徵收重金屬及其化合物類銦、鉬、氧化銦錫、三甲基銦等八項目、含氯碳氫化合物類五氯酚等一項目，以及農藥類可氯丹等十三項目。廢棄物項目取消指定行業別，改指定事業廢棄物申報及管理資訊系統中六十六項廢棄物及其費率，增列廢棄物代碼變更時之因應規定。並修正應徵收物質費率。
四、刪除徵收四年後應對制度提出檢討與調整規定，採以滾動式檢討方式進行檢討應徵收物質及費率等整治費徵收制度。
五、整治費申報改採網路申報方式，以達簡政便民及稽徵經濟之目標。
六、明確規定繳費人應於期限內申請保險及新投資預防工程退費為申請要件。並將不合格式、資料不全或無法判定是否符合退費規定之情況，納入補件規範。
七、對於就產品課費之鋼胚項目，明確規定製程產品為鋼胚者，該製程產出廢棄物得免依附表二課費，避免重複課費。
八、為明確繳納期限及計息起算日，酌作文字調整。
九、修正條文施行日期。